En el norte de México, el indio de misión era aquel que aceptó un sistema organizado por los jesuitas, donde vivía bajo una estructura comunitaria evangelizada. A diferencia de otras misiones en la Nueva España, los misioneros de Sonora no solo dirigían la vida espiritual, sino también la económica y política de la comunidad: organizaba el trabajo de las tierras comunales, gestionaba el comercio, e incluso imponía castigos con apoyo militar. Aunque conservaban ciertos derechos coloniales como la posesión de tierras comunales y la elección de autoridades según usos y costumbres, estaban sujetos a una tutela permanente. A diferencia de pueblos como los seris o apaches, que resistieron la reducción, los Tohono O'odham encarnaban la figura del indio de misión, incorporado forzadamente al orden colonial a través de una disciplina social, religiosa y territorial.